Этот год принес несколько весьма заметных событий, ознаменовавших новый этап в области создания вирусов. Во-первых, это касается появления нового поколения компьютерной фауны — полиморфных (мутирующих) вирусов. Первый представитель этого типа вредоносных программ (Chameleon) «эволюционировал» из двух других ранее известных вирусов — Vienna и Cascade. В этом вирусе применялась новая технология скрытия вирусного кода — основное тело вируса шифровалось. При этом в разных заражённых файлах ключ шифрования был различен, а код расшифровщика также менялся от заражения к заражению. Эта особенность делала антивирусные программы того времени малоэффективными: до этого они использовали обычный контекстный поиск «сигнатур», т.е. кусков вирусного кода, но в новом вирусе он просто отсутствовал. В результате разработчики антивирусных программ были вынуждены искать другие методы их обнаружения — а именно применять специальные алгоритмические языки или использовать методы дешифрации вирусного кода.
В течение этого года и ряда последующих лет было обнаружено огромное количество новых вирусов, которые имели болгарское происхождение. Это были целые семейства вирусов — Murphy, Nomenclatura, Beast, Eddie и многие другие. Особенную активность проявлял некто Dark Avenger, выпускавший в год по несколько новых вирусов, использовавших принципиально новые алгоритмы заражения и сокрытия себя в системе. В этом же году в Болгарии появилась первая BBS, ориентированная на обмен вирусами и информацией для вирусописателей (VX BBS). Идеология станции была исключительно проста: если пользователь передавал вирус, то взамен он мог загрузить один понравившийся ему вирус из каталога станции.
В июле 1990 года произошел серьезный инцидент с английским компьютерным журналом PC Today. К каждому номеру журнала бесплатно прилагался флоппи-диск, как оказалось впоследствии, зараженный вирусом DiskKiller. Было продано более 50 тысяч копий журнала. Название вируса соответствует его вредоносной функции — в зависимости от некоторых условий вирус выводит на экран сообщение и уничтожает все данные на диске.
Во второй половине 1990-го появилось два «монстра-невидимки» — Frodo и Whale. Оба вируса использовали крайне сложные алгоритмы сокрытия присутствия в системе («невидимости»), а девятикилобайтный вирус Whale (в то время — огромный размер для вируса) к тому же применял несколько уровней шифровки и целый ряд хитрых антиотладочных приемов.