Одно из наиболее знаменательных событий в области вирусов в 1988 — глобальная эпидемия упомянутого выше вируса Suriv-3, более известного под именем Jerusalem. Вирус был обнаружен одновременно в компьютерных сетях многих коммерческих фирм, государственных организаций и учебных заведений. Вирус обнаружил себя сам: в пятницу, 13-го, он уничтожал все запускаемые на заражённом компьютере файлы. В 1988 этой черной датой стало 13 мая. Именно в этот день сообщения о тысячах инцидентах с участием Jerusalem поступили со всех концов планеты, в первую очередь из Америки, Европы и с Ближнего Востока. Название, кстати, вирус получил по месту одного из инцидентов — университета в Иерусалиме.
Стали появляться новые компании-разработчики антивирусного программного обеспечения. Как правило, это были маленькие, полулюбительские фирмы, чаще всего состоявшие из одного или двух-трех человек. Антивирусные программы представляли собой простейшие сканеры, использовавшие контекстный поиск для обнаружения уникальной последовательности кода вируса. Наряду со сканерами, большой популярностью пользовались иммунизаторы, модифицировавшие программы так, что вирусы считали их уже зараженными и не трогали. Позднее, когда количество вирусов увеличилось в сотни раз, иммунизаторы потеряли свою актуальность, потому как сделать «прививку» от всех них представлялось просто нереальным.
Вместе с несколькими другими вирусами (Cascade, Stoned, Vienna), вирус Jerusalem распространился по тысячам компьютеров, оставаясь незамеченным — антивирусные программы еще не были распространены в то время так же широко как сегодня, а многие пользователи и даже профессионалы еще не верили в существование компьютерных вирусов. Показателен тот факт, что в том же году компьютерный гуру того времени и человек-легенда Питер Нортон высказался против существования вирусов. Он объявил их несуществующим мифом и сравнил со сказками о крокодилах, живущих в канализации Нью-Йорка. Этот казус, однако, не помешал фирме Symantec через некоторое время начать собственный антивирусный проект — Norton Anti-Virus.
В 1988 были зафиксированы первые случаи распространения так называемых «вирусных мистификаций». Это весьма интересный феномен, основанный на распространении ложных слухов о появлении новых, чрезвычайно опасных компьютерных вирусов. По сути дела эти слухи и были своего рода вирусами: напуганные пользователи распространяли такие сообщения по всем своим знакомым с необычайной скоростью. Одна из первых шуток такого характера принадлежит некому Mike RoChenle (псевдоним похож на английское слово «microchannel»), который в октябре 1988 разослал на станции BBS большое количество сообщений о якобы существующем вирусе, который передается от модема к модему и использует для этого скорость 2400 бит в секунду. В качестве панацеи предлагалось как можно скорее перейти на использование модемов скоростью 1200 бит в секунду. Как это ни смешно, многие пользователи действительно последовали этому совету.
Ноябрь 1988: повальная эпидемия настоящего сетевого вируса, поразившего сеть ARPANET. Вирус, получивший название «червь Морриса» (Morris Worm) по имени своего автора Роберта Морриса, заразил более 6000 компьютерных систем в США — около 10% всех серверов в сети. Среди жертв вируса был, например, Исследовательский центр NASA. По причине ошибки в коде вируса он, как и вирус-червь Christmas Tree, неограниченно рассылал свои копии по другим компьютерам сети, запускал их на выполнение и таким образом полностью забирал под себя все сетевые ресурсы — и практически парализовал работу всей сети.
Для своего размножения вирус использовал ошибки в системе безопасности операционной системы Unix для платформ VAX и Sun Microsystems. Помимо ошибок в Unix вирус использовал и несколько других оригинальных идей, например, подбор паролей пользователей (из списка, содержащего 481 вариант) для входа в системы под чужим именем. Общие убытки от вируса Морриса были оценены в 96 млн долларов.
В апреле 1988 вышла первая версия Dr Solomon’s Anti-Virus Toolkit — один из наиболее известных антивирусных продуктов того времени. Программа была создана английским программистом Аланом Соломоном (Alan Solomon), завоевала огромную популярность и просуществовала до 1998 года, когда компания была поглощена другим производителем антивирусов — американской Network Associates (NAI), также известной под именем McAfee.